Masalah diskriminasi, rasisme, dan bullying menjadi isu utama di dunia Naruto sejak awal cerita. Kisah Naruto Uzumaki yang dikucilkan sejak kecil karena memiliki Kyuubi di dalam tubuhnya adalah salah satu contohnya. Tidak hanya Naruto, banyak karakter lain yang mengalami diskriminasi dan bullying. Contohnya adalah Haku yang memiliki Kekkei Genkai dan harus hidup dalam persembunyian karena ketakutan dan kebencian orang-orang di sekitarnya.

7. Pemimpin Desa Sebagai Sumber Masalah